轮回眼被普遍认为是最难掌握的忍术。作为六道仙人创造的终极瞳术，轮回眼不仅需要特定的血统传承（如宇智波一族），还涉及操控生死、创造世界等超越常规的法则级能力。其实现方式包括瞳术传承、特定条件下的觉醒以及长期修炼，但代价高昂且难以控制，至今仅有少数角色能完全驾驭。轮回眼的复杂性体现在它同时具备瞬移、瞬杀、复制忍术等多重能力，而使用者需承受生命损耗和力量反噬的风险。
飞雷神之术是另一种公认的高难度忍术，由二代火影千手扉间开发并仅被四代火影波风水门改良掌握。这种时空间忍术要求使用者具备卓越的空间感知天赋和精确的查克拉控制能力，能在瞬间完成坐标移动与攻击。其难点在于术式构建的复杂性与实战中瞬息万变的计算需求，即便木叶精英忍者组队也只能勉强施展简化版飞雷阵之术。该术的传承条件苛刻，既需要天赋支撑，也依赖木叶高层的信任授权。
八门遁甲作为体术巅峰代表，其难度呈阶梯式增长。虽然入门可开启前几门（如卡卡西），但完全掌握需像迈特凯父子般投入数十年纯粹体术训练，并承受八门全开后的生命代价。该术通过解除查克拉通道限制爆发力量，每突破一门都对肉体强度和精神意志提出更高要求。A级评定仅反映基础门槛，实际发挥影级数十倍战力需将体术天赋与极限训练结合，这种近乎自毁的特性使其成为双刃剑。
尘遁作为血继淘汰的极致体现，融合三种查克拉属性变化，学习难度远超普通血继限界。二代土影开发后仅三代土影大野木成功继承，要求使用者精通土、风、火属性性质变化并将其分子级融合。尘遁能将目标分解至原子状态，但修炼过程极易因查克拉失衡导致反噬，且缺乏系统教学传承。血继淘汰的稀有性使其成为可能失传的忍术之一。
螺旋丸看似基础却暗藏玄机，四代火影耗时三年研发的无印忍术，虽被归类为A级，但掌握其完整形态需极高查克拉控制精度。从基础形态到加入性质变化的螺旋手里剑，每个阶段都要求对旋转力与查克拉密度进行微观调控。即便鸣人凭借九尾查克拉优势，仍需借助影分身辅助修炼，证明该术对天赋与技巧的双重依赖。
